大考中心今年1月開放民眾對今年學測考題提出疑義，共收到108封來函。五科共65題有疑義，只有自然科第32題改答案。該題考物理的螺線管，多名教師質疑，題幹中的「管內磁場」，若包含管外磁鐵棒的磁場，則無法判斷管內總磁場是增強、變弱或不變。大考中心宣布放寬答案，除原本的B、D選項，考生若選B、C兩選項也對。
自然科是今年學測疑義題最多的科目，教師分析，產生疑義的原因包括超出課綱範圍、無法以題幹提供資訊判斷答案等，但除第32題，大考中心在其他題目中舉出例證，推翻民眾的質疑。
學測期間參與解題的教師舉出自然科爭議題目，第18題討論科學家探討地球歷史的方法，選項E提到專有名詞「均變說」，指過去發生地質作用的原理和現在進行地質作用的原理相同，超出課綱範圍。第42題考出與遺傳有關的疾病，選項E的敘述為「有絲分裂中同源染色體聯會提供分離率的細胞學證據」，但是基礎生物沒有出現聯會的專有名詞。
民眾也針對自然以外的四科提出疑義，比如社會科第二題考公民與社會的「搭便車」概念，題幹描述某大學決定將運動場改成停車場來增闢財源，學生認為校方犧牲學生權益而抗議，最後抗議成功。籃球校隊成員雖也受影響，但因其他學生已參與抗議，決定不參加行動。這最能呼應哪種公民參與常遭遇的難題？
大考中心公告的答案為「提升勞工權益，要思考如何確保非工會成員不能共享工會抗爭結果」，有教師反應，高三上學期才教到團體協約法，非學測範圍，考生不一定知道工會抗爭有其困境、相對於資方較弱勢而不得已的處境，故要依法排他，恐無法認同為何要限制非工工會會員權益。大考中心回覆，考生不知道團體協約法，也能判斷此選項是否與搭便車條款有關。
